Al kort na het begin van onze jaartelling bevond zich op de plek waar nu Abby staat een Romeinse nederzetting. De abdij waarin Abby is gehuisvest, dateert uit de zestiende eeuw. De oorspronkelijke cisterciënzerinnenabdij op de Groeningekouter in Kortrijk werd rond 1578 vernield voor de aanleg van stadsversterkingen onder het calvinistische bestuur. Vijftien jaar later werd, inmiddels binnen de stadsmuren, de eerste steen gelegd van een nieuwe kapel.

In 1797, onder het Franse bewind, werden de zusters verdreven en werd de abdij gedeeltelijk afgebroken. In 1845 vestigde zich er een kloostergemeenschap van de Arme Klaren. Zij bewoonden het klooster tot 1978 en legden zich onder meer toe op het bakken van hosties.

In de jaren 80 en 90 vonden restauratiewerken plaats en vanaf 1993 werd het pand in verschillende fasen omgevormd tot een museumsite.