Al kort na het begin van onze jaartelling was op de plek waar zich nu Abby bevindt, een Romeinse nederzetting gevestigd. De abdij waarin Abby is gehuisvest, dateert uit de zestiende eeuw. De oorspronkelijke cistercïenzerabdij op de Groeningekouter in Kortrijk werd verlaten als gevolg van de beeldenstorm. In 1593 werden de eerste stenen gelegd van de nieuwe abdij binnen de muren van de stad. In 1797, onder het Franse bewind, werden de zusters verdreven. Tussen 1797 en 1845 werden delen van de abdij afgebroken voor het klooster van de Arme Klaren. Zij bewoonden het klooster tot 1978 en legden zich onder andere toe op het bakken van hosties. In de jaren ‘80 en ‘90 volgden restauratiewerken en vanaf 1993 werd het pand in verschillende fasen omgevormd tot museumsite.