Dès le début de notre ère, un établissement romain se trouvait à l’emplacement actuel d’Abby. L’abbaye qui abrite aujourd’hui Abby date du XVIe siècle. L’ancienne abbaye cistercienne de la plaine de Groeninge, à Courtrai, fut abandonnée à cause des iconoclastes. En 1593, la construction d’une nouvelle abbaye dans les murs de la ville commença. En 1797, sous le régime français, les sœurs furent expulsées. Entre 1797 et 1845, certaines parties de l’abbaye furent démolies pour faire place au couvent des Clarisses. Ces dernières y vécurent jusqu’en 1978, se consacrant notamment à la fabrication d’hosties. Dans les années 1980 et 1990, des travaux de restauration furent réalisés et, à partir de 1993, le site fut progressivement transformé en musée.